药物研究所前身由药物一室与药物二室合并组建而成，药物一室组建于1957年的中药研究室，主要从事青草药开发研究；药物二室组建于1963年，主要开展药化、植化、生药、药剂等工作。药物研究所现有一批具有博士、硕士学位的人员组成的研究团队，重点围绕福建道地药材，进行中药药效及作用机制、中药物质基础研究和中药新药及保健品研发等方面的科研工作。

药物研究所有科技部中小企业科技服务项目建设“中药及健康产品研究开发专业技术服务平台”、福建特色青草药开发中医药重点研究室、福建省中医药中药抗肿瘤的生物和化学评价重点研究室、福建省卫健委中药药理科研实验室和中药化学科研实验室。拥有三重四级杆液质联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收光谱仪、全波长扫描多功能酶标仪、蛋白质聚集体成像计数分析仪等先进仪器设备。

药物研究所致力于研究探索太子参、藤茶、金线莲、牛樟芝、橄榄等福建道地/特色药材种植、中药药效物质基础及质量标准建立、产品开发、脑神经损伤性疾病的康复中药研究等方面研究。“十三五”期间承担国家自然基金6项，省部级科研项目36项，发表论文50余篇，其中SCI论文15篇，获国家发明专利3项。药物研究所注重对外合作与交流，近年来承担企业横向课题30余项，可为省内外企业提供化学药、中成药、保健食品等的配方研究、质量标准制定、临床前药效/功效学及一般毒理学检测、中药材农药残留及重金属含量检测等技术服务。